朱由检在生命的最后几个月一直在思考，自己勤政图治十多年，怎么还是落入了走投无路的困境。朱由检登基伊始的巨大成功促使混沌已久的明朝政治一时清新，臣民仰望。人们都认为出现了难得的圣主，但朱由检的运气实在是不好，他继承的天下是一个危机四伏的天下。崇祯初年，西北发生特大旱灾，庄稼颗粒无收，人民流离失所，饿殍遍野，陕西甚至发生了人相食的惨剧。

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官府非但不予救恤，还催租逼税，筹措改革的资金，结果逼反了灾民。安塞人高迎祥号称“闯王”，最先打出了反明的旗帜。朱由检自幼生长在深宫，不了解战场排兵布阵、杀伐攻略。他凭着中兴的决心和必胜的信心，频繁指挥战事，就差亲自披挂上阵。结果农民军非但没有剿灭，反而越剿越多。

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屋漏偏逢连阴雨。在国内农民起义四起的同时，明朝的东北边境外兴起了更加强大的后金。后金蓬勃兴起后，频繁侵略明朝北方地区。朱由检又是一阵悲天悯人。1644年，李自成在西安建国称王，同年2月，李自成率军渡河北伐，取道山西，一路势如破竹，由居庸关直逼北京。

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一个月后，朱由检在北京城就听到农民军的炮声了。不恰当的皇帝和久病的王朝结合的后果现在终于显现出来了。3月18日，农民军对北京发起总攻。一夜之间，北京外城被攻破。19日，闯王李自成率军从承天门进入北京城。朱由检首先叫来三个最大的儿子（16岁的太子、11岁的永王、9岁的定王），叫宫女取来旧衣服，亲自给他们换上，系上衣带。

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临行前朱由检谆谆告诫他们：“各自逃生去吧！你们往日是太子、亲王，逃难出宫后，就是小民了。做小民要小心谨慎，如果遇到做官的人，年老的称呼老爷，年轻的叫声相公；如果遇到农夫，年老的要称老爹，年轻的要叫老兄；你们要叫读书人先生，叫军人长官。好了，我要为社稷去死了，不然我没有面目见祖宗于地下。如果你们能够不死，长大后千万不要忘了报父母之仇，不要忘了父亲今日的告诫。”

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这完全是一个父亲对儿子的临终嘱托。朱由检既担心三个儿子能否逃出皇宫，又担心他们在深宫长大，不通人情世故，难以在乱世安身立命。朱由检担心自己的儿子不仅做不成皇子，连平民也做不成。朱由检无限感慨地注视着即将永别的儿子。终于，一生的无奈和失意都爆发了出来。

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朱由检大喊道：“你们何苦生在帝王啊！”说罢朱由检抢先大哭起来。周边的侍从宫人也都被这生离死别和父子真情感动，失声痛哭。三个儿子被送往外祖家逃命，结果刚出宫就被农民军俘虏。朱由检再找来周皇后，让妻子自杀。周皇后自杀后，朱由检又去见皇嫂懿安张皇后，也让她自杀，张皇后隔着帘子和朱由检拜别后自杀了。

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在大明王朝的最后时刻，朱由检在陪侍太监王承恩的陪同下，登上煤山（现在故宫后的景山），在寿皇亭旁上吊自杀，时年35岁。王承恩也吊死在他对面1644年3月，统治中国276年的大明王朝结束了。农民军发现朱由检尸体时，只见他披发掩面，身穿蓝衣，左足赤露，右着朱靴。朱由检还是将自己和王朝的失败归结为大臣们误国误民，没有执行自己的政策和主张。

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面对祖宗基业的完结，朱由检痛心异常，觉得没有脸面去见列祖列宗，因此自己摘去了皇冠，用头发将面容覆盖起来。最后他请求农民军有怨气发泄到他身上就可以了，不要伤害百姓。这个时候，朱由检流露出了爱民之心和人性光辉。殊不知，对于执政帝王来说，缺乏治国能力，将国家弄得一团糟就是最大的不爱民。朱由检与周后一起由清廷用柳木棺成殓，寄于寺庙，后被农民军葬在昌平普通墓地里。清朝多尔衮入关后，下令以皇礼安葬朱由检，并允许明朝遗老遗少哭临祭奠。祭奠完后，遗老遗少们决定将朱由检夫妻殡入田贵妃的陵墓。一计算，开掘墓道、建立碑亭，需要大约三千多两白银。清廷只同意从十三陵陵租中拨给1500两，其余由曹化淳等前明太监和明朝遗老遗少自筹。朱由检毕竟是前朝的皇帝，清朝官府对他的葬礼并没多放在心上。曹化淳多次上奏催促，多尔衮也数次责成有司速速完工。

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一直拖到1644年11月29日，开掘墓道的工作方才开始，年底，墓道修好，田妃陵墓被打开。好在陵墓里原来安放田贵妃棺柩的陵床非常宽大，还可以放下朱由检和周皇后的两具棺柩。于是田贵妃的陵墓就成了安葬明朝末代皇帝的思陵。思陵是安放着一皇一后一妃，并非预定帝陵的独特皇陵。朱由检安葬当天，清朝“令臣民为服丧三日”。​​​​